La Universidad de Oxford y Oracle se asocian para acelerar la identificación de variantes de la COVID-19

La Universidad de Oxford (Reino Unido)y Oracle han creado un Sistema de Análisis Global de Patógenos (GPAS) que combina la Oxford’s Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) con el poder de Oracle Cloud Infrastructure (OCI) para acelerar la identificación de variantes de la COVID-19.

Utilizado por primera vez para la tuberculosis, SP3 se ha reutilizado para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencia de SARS-CoV-2, produciendo secuencias genómicas anotadas e identificando nuevas variantes y aquellas que preocupan.

El sistema SP3 ahora ofrecerá resultados completos y estandarizados de los análisis de COVID-19 a los pocos minutos de su presentación a escala internacional. Los resultados se compartirán con países de todo el mundo en un entorno seguro.

Junto con las amplias capacidades de aprendizaje automático en Oracle Cloud, los científicos, investigadores y gobiernos colaboradores de todo el mundo pueden procesar, analizar, visualizar y actuar sobre una amplia colección de datos de patógenos COVID-19 por primera vez. Esto incluye la identificación de variantes de interés y su impacto potencial en la efectividad de la vacuna y el tratamiento.

Analizar variantes con mayor transmisibilidad

Por ejemplo, los cuadros de mando de análisis del sistema mostrarán qué cepas específicas se están propagando más rápidamente que otras y si las características genéticas contribuyen a una mayor transmisibilidad y escape de la vacuna. Oxford ya ha procesado la mitad de las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo, más de 500.000 en total.

“Existe una necesidad crítica de cooperación global en la secuenciación genómica y el examen de la COVID-19 y otros patógenos. El mejorado sistema SP3 establecerá un estándar mundial para la recopilación y el análisis de datos de patógenos, lo que permitirá a los investigadores médicos comprender mejor el virus COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud pública”, ha comentado Larry Ellison, Oracle Chairman and CTO.

El siguiente paso será extender este servicio a todos los patógenos y, al mismo tiempo, colaborar con científicos de centros de investigación, agencias de salud pública y compañías privadas para garantizar que la toma de decisiones sobre las estrategias de respuesta a una pandemia mundial esté informada. La plataforma será gratuita para que los investigadores y las organizaciones sin ánimo de lucro la utilicen en todo el mundo.

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